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軟件開發過程中存在很多的困難，常見的有這樣的問題：
1 極大的復雜性
    大多數大型軟件軟件產品由幾十甚至幾百萬行源代碼構成，例如：Windows95操作系統由大約1100萬行代碼組成。每一行代碼都可能影響到程序的其它部分，并且各個部分之間都可能互相影響。這樣一個錯綜復雜的巨大系統當中，每一個小小的錯誤都可能導致整個系統崩潰。以技源公司的FRPCAD管道設計軟件為例，在大家使用過程中，可能僅會想到一張光盤和一個加密鎖，但可能不會想到，一個軟件背后有十幾萬行代碼，是一個巨大的工程。
2 高度的不確定性
    一個軟件項目從一開始就存在許多不確定性因素。其一：用戶需求很難確定。這是因為軟件開發者很難詳細了解用戶的需求，甚至用戶在看到產品之前也不清楚自己到底需要什么，所以從項目開發的自始至終都可能會有新的需求提出，致使系統結構不斷修改，終面目全非。其二：設計不完全可以預測。有時，一個設計時認為可行的方案，在實現時可能行不通，或者初的設計方案存在很大的缺陷而沒有及時發現，或者突然一個設計時沒有料到的技術難點阻擋了項目的進度。從設計到實現實際上有著很大的不可預測性。其三：用戶需求不斷變化，如果初的用戶需求沒有了解的很清楚，可能整個項目很快就會陷在不斷變化的需求之中不能自拔。其四：客觀條件的不確定性。在項目的進展過程中，可能會有人員的流動，可能會有資源的調整，可能會有這樣或那樣的客觀條件的限制而阻擋了項目的正常進行。在這樣高度的不確定之中，在較早階段精確估計一個項目不只是很難地，甚至是不可能的。
    項目常常嚴重超期或超出預算是常有的問題。據美國一份評估報告顯示，17個主要的國防部軟件合同中，平均28個月的進度計劃推遲了20個月才完成。一個4年應該完成的任務，7年還未提交，其中沒有一個項目按時完成。由于存在軟件問題，B1轟炸機的部署被推遲了，同樣的原因，580億美元的A12飛機計劃也被部分取消了。