(3)分子結構的排布順序
    線型UP分子中，每個分子鏈含有大約十幾個不飽和鏈節，這些不飽和鏈節通過自由基，引發與乙烯基單體發生交聯、據報導，線型聚酯分子鏈中的不飽和鏈結的分布影響著固化過程的動力學，并終影響著固化的UPR樹脂的內在性能。由于三維網絡中空間位阻的原因，相互接近的不飽和雙鍵的鏈段可能具有較低的固化反應活性，因此當聚酯分子中不飽和鏈節分布較集中時，所得樹脂具有較低反應活性，其制品具有較低的機械性能。
    (4)分子結構中雙鍵的順反結構
    不飽和聚酯樹脂通過分子鏈中的不飽和雙鍵與乙烯基單體（如苯乙烯）交聯。在縮聚反應階段，一部分雙鍵的順式結構（馬來酸酯）會隨著反應的進行而異構化為反式（富馬酸酯）結構：

    在聚酯分子鏈中，反式結構含量越高，樹脂的固化反應活性越高，終制品的機械性能指標越高。這是由于在樹脂固化過程中，反式結構的雙鍵除了與苯乙烯共聚交聯外，自身也可以發生自聚反應，提高了交聯反應密度，因而提高了樹脂產品的終性能。一般可通過提高反應溫度、加入催化劑、改善合成工藝等方法來提高分子結構中反式結構的比例。
    3.合成工藝
    如前所述，在合成不飽和聚酯樹脂過程中，不同的合成反應工藝條件會改變聚酯分子的分子量大小、分子量分布、分子結構的排布順序等，從而影響終產品的內在性能。不同的合成工藝條件包括投料順序、反應步驟、升溫速度、反應溫度、催化劑、惰性氣體等。一些性能優異的樹脂往往可以通過調節合成工藝來獲得。例如可使樹脂在配方不變也就是原料成本不變的前提下，通過采用不同的合成工藝，達到改變分子結構，從而提高樹脂內在性能的目的。