大多數植物都可用來作沼氣池的原料，但并非所有植物都可以入池。如核桃葉、銀杏葉、貓兒眼、黃花蒿、臭椿葉、泡桐葉、水杉、梧桐葉、苦楝葉、斷腸草、辣蓼子、煙梗等植物要嚴禁入池，因為他們中含有抑制或殺死甲烷菌的成分。同樣，沼氣池內更不能用農藥、柴油。否則，會造成池內長期不產氣。
　　另外，豆餅、生豆餅、棉子餅等在空氣不足的條件下會產生磷化氫，這是一種有毒的氣體，不僅對甲烷細菌不利，而且人、畜接觸后容易發生中毒，故此類麩餅也嚴禁入池。