目前真空樹脂導入工藝也有一定的缺點。
　　施工工藝較為復雜
　　真空導人工藝不同于傳統手糊工藝，需要按照圖紙詳細設計好纖維材料的鋪層圖、導流管系布置圖和建造施工流程，在樹脂導人前必須完成增強材料的鋪敷和導流介質、導流管、真空密封材料的鋪設。因此對于小尺寸船舶來講 ，其施工時間反而超過手糊工藝。
　　生產成本較為偏高
　　真空導人工藝對纖維材料 的滲透性要求較高，多采用連續氈、單向布，單位成本高。同時在建造施工過程中需要使用到真空泵、真空袋膜、導流介質、脫模布及導流管等輔助材料，且大多為一次性使用，所以生產成本比手糊工藝要高。但產 品越大 ，這個差別就會越小。
　　工藝存在一定風險
　　真空導人工藝自身特點決定 了船舶建造的一次性成型，對樹脂導入前工作要求很高，必須嚴格按照施工工藝有步驟的實施，在開始樹脂導入后過程就不可逆轉，一旦在樹脂灌注中失敗，整個船體就容易報廢。目前一般船廠為了施工方便和降低風險，一般企業采用船舶艇體和骨架分兩階段真空成型。
　　真空導人工藝作為一種新型的玻璃鋼船舶的成型建造技術，有其許多優點，特別在建造主尺度較大、航速較高、強度較強的船舶方面，有其不可替代的作用。隨著真空樹脂導入施工工藝的不斷改進和原材料成本的降低，以及日益增長的社會需求，玻璃鋼船舶建造會逐步向機械成型工藝過渡，樹脂真空導人法勢必將在更多的工廠得到廣泛應用。
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