1． 與有機溶劑相比，水的蒸發潛熱高，相對蒸發速率低，特別在低溫和高濕度下，漆膜的干燥時間延長
2． 由于涂料的連續相是水，它的導電率高，易腐蝕金屬。這對作為金屬底漆適使用的環氧分散體涂料尤為重要，要解決漆膜干燥過程中可能發生的閃蝕問題。
3． 水對很多填顏料的潤濕性和分散性差。對于環氧水分散體防腐涂料來說，水介質對防腐填顏料的分散穩定性是必須要解決的問題。
4． 由于水分散環氧是親水性的，因此漆膜干燥后的耐水性存在問題。
此外由于是水介質，還存在凍融性問題、涂料儲存穩定性以及水解穩定性問題，微生物引起的霉變問題，用水稀釋時的涂料流變性問題等。